Обнаружение Cacao Mild Mosaic Virus (CaMMV) с использованием nested PCR и доказательства неравномерного распределения в тканях листа
Detection of Cacao Mild Mosaic Virus (CaMMV) Using Nested PCR and Evidence of Uneven Distribution in Leaf Tissue
Alina S. Puig
Аннотация (перевод)
Распространение улучшенной гермоплазмы Theobroma cacao имеет важное значение для удовлетворения растущего спроса на какао-бобы. У какао занос новых заболеваний предотвращается путем обмена материалом через национальную и международную карантинную систему. В 2020 году симптомы вируса наблюдались на растениях в карантинной теплице, и Cacao mild mosaic virus (CaMMV) был обнаружен в одном растении с использованием опубликованных диагностических праймеров. Однако в других растениях с симптомами вирус обнаружен не был. Для решения проблемы высокого разнообразия патогена и низкого титра вируса у недавно зараженных растений был разработан тест nested PCR на основе 15 последовательностей CaMMV из Тринидада и Пуэрто-Рико. Тест был валидирован на выборке (n = 30) растений в теплице, из которых 29 дали положительный результат. Считается, что большинство заражений произошло на более поздней стадии карантинного периода, возможно, вследствие распространения мучнистыми червецами. Однако филогенетический анализ выявил присутствие трех штаммов, что указывает на занос с черенками привоя из нескольких источников. Результаты ПЦР-анализов различных тканей листа показывают, что вирус распределен неравномерно и что в молекулярной диагностике следует использовать ткань черешка. Перемещение зараженного привойного материала является основным путем распространения CaMMV, но этот процесс можно контролировать с помощью тщательного скрининга.
Оригинальная аннотация
Distribution of improved germplasm of Theobroma cacao is essential for meeting the increased demand for cocoa beans. In cacao, the introduction of new diseases is prevented by exchanging material through a national and international quarantine system. In 2020, virus symptoms were observed on plants in a quarantine greenhouse, and Cacao mild mosaic virus (CaMMV) was detected in one plant using published diagnostic primers. However, no virus was detected in other symptomatic plants. To address high pathogen diversity and low virus titer in recently infected plants, a nested PCR test was developed based on 15 CaMMV sequences from Trinidad and Puerto Rico. The test was validated on a subset (n = 30) of plants in the greenhouse, of which 29 tested positive. Most infections are thought to have occurred during the later stage of the quarantine period, possibly due to spread by mealybugs. However, phylogenetic analysis revealed the presence of three strains, suggesting that it was introduced on scionwood from multiple sources. Results of PCR assays on different leaf tissues indicate that the virus is unevenly distributed and that petiole tissue should be used in molecular diagnostics. The movement of infected scionwood is a major dissemination pathway for CaMMV but can be managed through careful screening.
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/26ed8abe-d3ca-41ec-8e4d-29c0293c8a1d
DOI: 10.3390/agronomy11091842