Геном какао Criollo v2.0: улучшенная версия генома для генетических и функционально-геномных исследований
The cacao Criollo genome v2.0: an improved version of the genome for genetic and functional genomic studies
Xavier Argout, Guillaume Martin, Gaëtan Droc, Olivier Fouet, Karine Labadie, Éric Rivals, Jean‐Marc Aury, Claire Lanaud
Аннотация (перевод)
ВВЕДЕНИЕ: Theobroma cacao L., происходящее из бассейна Амазонки в Южной Америке, является экономически важной плодовой древесной культурой для тропических стран в качестве источника шоколада. Первый черновой геном этого вида, полученный для сорта Criollo, был опубликован в 2011 году. Несмотря на то что он представляет собой ценный ресурс, возможны некоторые улучшения, включая выявление ошибок сборки, сокращение количества скаффолдов и гэпов, а также привязку непривязанных последовательностей к 10 хромосомам. МЕТОДЫ: Мы применили подход на основе NGS для значительного улучшения сборки генома белизского Criollo B97-61/B2. Мы объединили четыре библиотеки парноконцевых чтений Illumina с большим размером вставки и 52x длинных прочтений Pacific Biosciences для исправления ошибочно собранных участков и сокращения количества скаффолдов. Затем мы использовали методы генотипирования путем секвенирования (GBS), чтобы увеличить долю сборки, привязанной к хромосомам. РЕЗУЛЬТАТЫ: Количество скаффолдов сократилось с 4,792 в сборке V1 до 554 в V2, тогда как показатель N50 скаффолдов увеличился с 0.47 Mb в V1 до 6.5 Mb в V2. В общей сложности 96.7% сборки было привязано к 10 хромосомам по сравнению с 66.8% в предыдущей версии. Неопределенные сайты (Ns) были сокращены с 10.8% до 5.7%. Кроме того, мы обновили функциональные аннотации и выполнили новую структурную аннотацию RefSeq на основе данных RNAseq. ЗАКЛЮЧЕНИЕ: Версия 2 генома Theobroma cacao Criollo станет ценным ресурсом для исследования сложных признаков на геномном уровне и для будущих сравнительных геномных и генетических исследований дерева какао. Новые функциональные инструменты и аннотации доступны на Cocoa Genome Hub ( http://cocoa-genome-hub.southgreen.fr ).
Оригинальная аннотация
BACKGROUND: Theobroma cacao L., native to the Amazonian basin of South America, is an economically important fruit tree crop for tropical countries as a source of chocolate. The first draft genome of the species, from a Criollo cultivar, was published in 2011. Although a useful resource, some improvements are possible, including identifying misassemblies, reducing the number of scaffolds and gaps, and anchoring un-anchored sequences to the 10 chromosomes. METHODS: We used a NGS-based approach to significantly improve the assembly of the Belizian Criollo B97-61/B2 genome. We combined four Illumina large insert size mate paired libraries with 52x of Pacific Biosciences long reads to correct misassembled regions and reduced the number of scaffolds. We then used genotyping by sequencing (GBS) methods to increase the proportion of the assembly anchored to chromosomes. RESULTS: The scaffold number decreased from 4,792 in assembly V1 to 554 in V2 while the scaffold N50 size has increased from 0.47 Mb in V1 to 6.5 Mb in V2. A total of 96.7% of the assembly was anchored to the 10 chromosomes compared to 66.8% in the previous version. Unknown sites (Ns) were reduced from 10.8% to 5.7%. In addition, we updated the functional annotations and performed a new RefSeq structural annotation based on RNAseq evidence. CONCLUSION: Theobroma cacao Criollo genome version 2 will be a valuable resource for the investigation of complex traits at the genomic level and for future comparative genomics and genetics studies in cacao tree. New functional tools and annotations are available on the Cocoa Genome Hub ( http://cocoa-genome-hub.southgreen.fr ).
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/28a0e04e-3676-4677-ad8e-a967d2846e6d
DOI: 10.1186/s12864-017-4120-9
OpenAlex: W2618381986