Геном какао Criollo версии 2.0: улучшенная версия генома для генетических и функциональных геномных исследований
The cacao Criollo genome v2.0: an improved version of the genome for genetic and functional genomic studies
X. Argout, G. Martin, G. Droc, O. Fouet, K. Labadie, E. Rivals, J.M. Aury, C. Lanaud
Аннотация (перевод)
Аннотация. Предыстория Theobroma cacao L., эндемик амазонского бассейна Южной Америки, является экономически важной фруктовой древесной культурой для тропических стран как источник шоколада. Первый черновой геном вида, полученный от культивара Criollo, был опубликован в 2011 году. Хотя это полезный ресурс, возможны некоторые улучшения, включая выявление ошибок сборки, уменьшение числа скаффолдов и зазоров, а также привязку непривязанных последовательностей к 10 хромосомам. Методы. Мы использовали подход на основе NGS для существенного улучшения сборки генома белизского Criollo B97-61/B2. Мы совместили четыре библиотеки Illumina с большим размером вставки и парными концами с 52-кратным покрытием длинными чтениями Pacific Biosciences для исправления ошибочно собранных регионов и уменьшения числа скаффолдов. Затем мы использовали методы генотипирования путём секвенирования (GBS) для увеличения доли сборки, привязанной к хромосомам. Результаты. Число скаффолдов снизилось с 4792 в сборке V1 до 554 в V2, тогда как размер N50 скаффолда увеличился с 0,47 Мб в V1 до 6,5 Мб в V2. Общая доля сборки, привязанная к 10 хромосомам, составила 96,7% по сравнению с 66,8% в предыдущей версии. Количество неизвестных сайтов (N) снизилось с 10,8% до 5,7%. Кроме того, мы обновили функциональные аннотации и выполнили новую структурную аннотацию RefSeq на основании данных RNAseq. Заключение. Геном Theobroma cacao Criollo версии 2 станет ценным ресурсом для исследования сложных признаков на геномном уровне и для будущих исследований сравнительной геномики и генетики какао. Новые функциональные инструменты и аннотации доступны на Cocoa Genome Hub ( http://cocoa-genome-hub.southgreen.fr ).
Оригинальная аннотация
Abstract Background Theobroma cacao L., native to the Amazonian basin of South America, is an economically important fruit tree crop for tropical countries as a source of chocolate. The first draft genome of the species, from a Criollo cultivar, was published in 2011. Although a useful resource, some improvements are possible, including identifying misassemblies, reducing the number of scaffolds and gaps, and anchoring un-anchored sequences to the 10 chromosomes. Methods We used a NGS-based approach to significantly improve the assembly of the Belizian Criollo B97-61/B2 genome. We combined four Illumina large insert size mate paired libraries with 52x of Pacific Biosciences long reads to correct misassembled regions and reduced the number of scaffolds. We then used genotyping by sequencing (GBS) methods to increase the proportion of the assembly anchored to chromosomes. Results The scaffold number decreased from 4,792 in assembly V1 to 554 in V2 while the scaffold N50 size has increased from 0.47 Mb in V1 to 6.5 Mb in V2. A total of 96.7% of the assembly was anchored to the 10 chromosomes compared to 66.8% in the previous version. Unknown sites (Ns) were reduced from 10.8% to 5.7%. In addition, we updated the functional annotations and performed a new RefSeq structural annotation based on RNAseq evidence. Conclusion Theobroma cacao Criollo genome version 2 will be a valuable resource for the investigation of complex traits at the genomic level and for future comparative genomics and genetics studies in cacao tree. New functional tools and annotations are available on the Cocoa Genome Hub ( http://cocoa-genome-hub.southgreen.fr ).
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/695aaa40-21bd-42b3-bc09-821aced496a3
DOI: 10.6084/m9.figshare.c.3881410.v1