Структурная и функциональная геномика устойчивости Cacao к.
Structural and Functional Genomics of the Resistance of Cacao to.
Jonathan Javier Mucherino Muñoz, Cláusio Antônio Ferreira de Melo, Raner José Santana Silva, Edna Dora Martins Newman Luz, Ronan Xavier Corrêa
Аннотация (перевод)
Черная гниль стручков (black pod disease), вызываемая spp., является одним из основных заболеваний, поражающих плантации какао. В этом исследовании с помощью ассоциативного картирования были валидированы 29 молекулярных маркеров SSR, фланкирующих QTL (Quantitative Trait Loci), ассоциированные с устойчивостью к Butler (Butler) (PP), у трех местных старинных сортов Bahia (Comum, Pará и Maranhão) — сортов, обладающих высоким потенциалом в производстве шоколада гурме. Были выявлены четыре локуса SSR, ассоциированные с устойчивостью к PP: два на хромосоме 8, объясняющие 7.43% и 3.72% фенотипической изменчивости (%PV), один на хромосоме 2, объясняющий 2.71%PV, и один на хромосоме 3, объясняющий 1.93%PV. Была проведена аннотация на основе функциональных доменов для 20 областей QTL, ассоциированных с устойчивостью какао к патогену, в двух (CRIOLLO и MATINA) референсных геномах. Было идентифицировано 164 (геном CRIOLLO) и 160 (геном MATINA) генов-кандидатов, предположительно участвующих в распознавании и активации реакций ответа при взаимодействии с патогеном. Геномные области, обогащенные генами с доменами Coiled-coils (CC), сайтами связывания нуклеотидов (NBS) и доменами Leucine-rich repeat (LRR), были выявлены на хромосомах 1, 3, 6, 8 и 10; аналогично, области, обогащенные доменами Receptor-like Kinase (RLK) и доменами Ginkbilobin2 (GNK2), были выявлены на хромосомах 4 и 6.
Оригинальная аннотация
Black pod disease, caused byspp., is one of the main diseases that attack cocoa plantations. This study validated, by association mapping, 29 SSR molecular markers flanking to QTL (Quantitative Trait Loci) associated withButler (Butler) (PP) resistance, in three local ancient varieties of the Bahia (Comum, Pará, and Maranhão), varieties that have a high potential in the production of gourmet chocolate. Four SSR loci associated with resistance to PP were detected, two on chromosome 8, explaining 7.43% and 3.72% of the Phenotypic Variation (%PV), one on chromosome 2 explaining 2.71%PV and one on chromosome 3 explaining 1.93%PV. A functional domains-based annotation was carried out, in two(CRIOLLO and MATINA) reference genomes, of 20 QTL regions associated with cocoa resistance to the pathogen. It was identified 164 (genome CRIOLLO) and 160 (genome MATINA) candidate genes, hypothetically involved in the recognition and activation of responses in the interaction with the pathogen. Genomic regions rich in genes with Coiled-coils (CC), nucleotide binding sites (NBS) and Leucine-rich repeat (LRR) domains were identified on chromosomes 1, 3, 6, 8, and 10, likewise, regions rich in Receptor-like Kinase domain (RLK) and Ginkbilobin2 (GNK2) domains were identified in chromosomes 4 and 6.
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/6af7e2dd-a4e3-4605-bc95-9ee21f672d7d
DOI: 10.3390/pathogens10080961