Последовательность генома какао Theobroma раскрывает сведения о биосинтезе флавоноидов
Theobroma cacao genome sequence reveals insights into flavonoid biosynthesis
Marin Recinos MF, Winnier S, Lagerhausen K, Ajayi B, Wolff K, Friedhoff R, Dassow CM, Choudhary N, de Oliveira JAVS, Pucker B
Аннотация (перевод)
Какао Theobroma хорошо известен своей ролью в производстве какао. В экваториальных регионах культивируется множество различных сортов какао, каждый из которых отличается уникальными фенотипическими признаками. Одна из таких черт — вариации цвета стручков, которые связаны с различиями в содержании антоцианинов. Антоцианы образуются ветвью путь биосинтеза флавоноидов. В этом исследовании были секвенированы и собраны два генома T. cacao с высокой смежностью — BRAU1 и BONN1 и использованы для изучения генов и структурных вариантов, связанных с внутривидовой вариацией в биосинтезе флавоноидов. Сравнительный анализ выявил структурные вариации, влияющие на шесть кандидатных генов синтеза флавоноидов, включая делецию 1026 бп в одном из локусов DFR в акцессиях BRAU1, BONN1 и Matina.
Оригинальная аннотация
Theobroma cacao is well known for its role in producing cacao. Many different cacao varieties are cultivated in equatorial regions, each distinguished by unique phenotypic traits. One of these traits is pod color variation, which has been linked to differences in anthocyanin content. Anthocyanins are produced by a branch of the flavonoid biosynthesis pathway. In this study, two high-contiguity T. cacao genomes, BRAU1 and BONN1, were sequenced and assembled and used to investigate genes and structural variants associated with intraspecific variation in flavonoid biosynthesis. Comparative analysis identified structural variations affecting six candidate flavonoid biosynthesis genes, including a 1026 bp deletion at one of the DFR loci in BRAU1, BONN1, and Matina accessions.
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/7ae1cc2d-0c62-484c-af66-85cef6adc674
DOI: 10.1101/2024.11.23.624982