Полногеномная идентификация и анализ семейства генов R2R3-MYB у Theobroma cacao
Genome-Wide Identification and Analysis of the R2R3-MYB Gene Family in Theobroma cacao
Jing Chen, Wang, Cong, Dan Liang, Hou, Sijia, Wu, Rongling, Sijia Hou, Yunqian Guo, Qianqian Zhang, Meng, Jianqiao, Jianqiao Meng, Du, Junhong, Zhang, Qianqian, Cong Wang, Rongling Wu, Junhong Du, Liang, Dan, Guo, Yunqian, Chen, Jing
Аннотация (перевод)
Семейство генов MYB участвует в регуляции роста, развития растений и ответов на стресс. В данной статье для идентификации генов R2R3-MYB у Theobroma cacao (TcMYB), участвующих в ответе на стресс окружающей среды и фитогормоны, мы провели полногеномный анализ семейства генов R2R3-MYB у Theobroma cacao (cacao). Всего было идентифицировано 116 генов TcMYB, и согласно филогенетическому анализу они были разделены на 23 подгруппы. В то же время были проанализированы консервативные мотивы, структуры генов и цис-действующие элементы промоторов. Кроме того, эти гены TcMYB были распределены по 10 хромосомам. Мы провели анализ синтении, чтобы понять эволюцию семейства генов R2R3-MYB у cacao. Всего в результате событий тандемной или сегментной дупликации было идентифицировано 37 генных пар генов TcMYB. Кроме того, мы также предсказали субклеточную локализацию и физико-химические свойства. Все исследования показали, что гены TcMYB выполняют множество функций, включая реагирование на стрессы окружающей среды. Результаты дают представление о R2R3-MYB у Theobroma cacao и закладывают основу для дальнейшего функционального анализа генов TcMYB в процессах роста cacao
Оригинальная аннотация
The MYB gene family is involved in the regulation of plant growth, development and stress responses. In this paper, to identify Theobroma cacao R2R3-MYB (TcMYB) genes involved in environmental stress and phytohormones, we conducted a genome-wide analysis of the R2R3-MYB gene family in Theobroma cacao (cacao). A total of 116 TcMYB genes were identified, and they were divided into 23 subgroups according to the phylogenetic analysis. Meanwhile, the conserved motifs, gene structures and cis-acting elements of promoters were analyzed. Moreover, these TcMYB genes were distributed on 10 chromosomes. We conducted a synteny analysis to understand the evolution of the cacao R2R3-MYB gene family. A total of 37 gene pairs of TcMYB genes were identified through tandem or segmental duplication events. Additionally, we also predicted the subcellular localization and physicochemical properties. All the studies showed that TcMYB genes have multiple functions, including responding to environmental stresses. The results provide an understanding of R2R3-MYB in Theobroma cacao and lay the foundation for a further functional analysis of TcMYB genes in the growth of cacao
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/7e1242ef-c34c-405d-ab28-c6fb369129f8
DOI: 10.3390/genes13091572