Изготовление шоколадной капли: разработка и оценка 6K массива SNP для какао Theobroma
Making a chocolate chip: development and evaluation of a 6K SNP array forTheobroma cacao
Donald Livingstone, Stefan Royaert, Conrad Stack, Keithanne Mockaitis, Greg May, Andrew Farmer, Christopher Saski, R. J. Schnell, David N. Kuhn, Juan Carlos Motamayor
Аннотация (перевод)
Theobroma cacao, ключевой ингредиент производства шоколада, является одним из важнейших фруктовых культур в мире, с производства ∼4 000 000 метрических тонн в 50 странах. Для перехода к открытию генов и маркерно-ассистированному селекционированию в какао был проведён проект идентификации однонуклеотидного полиморфизма (SNP) с использованием данных RNAseq из 16 различных сортов какао. Последовательности РНК были выровнены с собранным транскриптомом сорта Matina 1-6, и было выявлено 330 000 SNP внутри кодирующих областей. Из этих SNP было выбрано подмножество из 6 000 высококачественных SNP для включения в массив Illumina Infinium SNP: массив Cacao6kSNP. Используя данные массива Cacao6KSNP из более чем 1000 образцов какао, мы демонстрируем, что наш собственный массив создаёт насыщенную генетическую карту и может быть использован для различения даже близкородственных генотипов. Наше исследование расширяет и расширяет генетические ресурсы, доступные исследователям какао, а также предоставляет набор инструментов на уровне генома, которые критически важны для развития селекции с молекулярными маркерами у сельскохозяйственных видов с высоким генетическим разнообразием.
Оригинальная аннотация
Theobroma cacao, the key ingredient in chocolate production, is one of the world's most important tree fruit crops, with ∼4,000,000 metric tons produced across 50 countries. To move towards gene discovery and marker-assisted breeding in cacao, a single-nucleotide polymorphism (SNP) identification project was undertaken using RNAseq data from 16 diverse cacao cultivars. RNA sequences were aligned to the assembled transcriptome of the cultivar Matina 1-6, and 330,000 SNPs within coding regions were identified. From these SNPs, a subset of 6,000 high-quality SNPs were selected for inclusion on an Illumina Infinium SNP array: the Cacao6kSNP array. Using Cacao6KSNP array data from over 1,000 cacao samples, we demonstrate that our custom array produces a saturated genetic map and can be used to distinguish among even closely related genotypes. Our study enhances and expands the genetic resources available to the cacao research community, and provides the genome-scale set of tools that are critical for advancing breeding with molecular markers in an agricultural species with high genetic diversity.
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/7fa56fcf-93af-40a1-aaf8-41d7919b5f6c
DOI: 10.1093/dnares/dsv009
OpenAlex: W2211963229