Полногеномное SNP-генотипирование как простой и практичный инструмент для ускорения создания инбредных линий у аутбредных древесных видов: пример какао ( <i>Theobroma cacao</i> L.)
Genome-wide SNP genotyping as a simple and practical tool to accelerate the development of inbred lines in outbred tree species: an example in cacao ( <i>Theobroma cacao</i> L.)
Lopes UV, Pires JL, Gramacho KP, Grattapaglia D
Аннотация (перевод)
Какао является важной сельскохозяйственной культурой мирового значения с длительной историей одомашнивания и селекции. Несмотря на растущее использование элитных клонов фермерами, плантации какао по всему миру закладываются главным образом с использованием гибридного потомства от гетерозиготных родителей, что обуславливает высокую вариабельность между отдельными деревьями. Целенаправленное получение гибридов из продвинутых инбредных линий, созданных в результате последовательных поколений самоопыления, до сих пор не рассматривалось в селекции какао в полной мере. В значительной степени это связано с самонесовместимостью вида, длительными циклами смены поколений (3-5 years) и обширными опытными площадями, необходимыми для реализации этой задачи. Мы предлагаем простой и доступный подход к созданию инбредных линий, основанный на ускорении накопления гомозиготности с помощью регулярного самоопыления под контролем полногеномного SNP-генотипирования. В данном исследовании мы провели генотипирование 90 клонов из бразильской коллекции гермоплазмы CEPEC и 49 инбредных потомков шести семейств какао S 1 или S 2, полученных от самоопыляющихся клонов CCN-51, PS-13.19, TSH-1188 и SIAL-169. Набор из 3,380 SNP, распределенных по всему геному какао, был исследован на мультипородном чипе EMBRAPA 65k Infinium. 90 клонов какао продемонстрировали значительную вариабельность по уровню полногеномной SNP-гомозиготности (в среднем 0.727± 0.182), при этом у 19 из них гомозиготность составила >90%. Оценив увеличение гомозиготности за два поколения самоопыления, данные SNP выявили широкую вариабельность гомозиготности внутри и между семействами S 1 и S 2. Даже в небольших семьях (<10 сибсов) были выявлены особи с уровнем гомозиготности, превышающим среднее по семье значение на величину до ∼1.5 стандартных отклонений. При исходных уровнях гомозиготности 0.476 и 0.454 потомки с гомозиготностью 0.862 и 0.879 были получены для клонов TSH-1188 и CCN-51 соответственно всего за два поколения самоопыления (прирост на 81-93%). Мониторинг и отбор инбредных особей с помощью SNP-маркеров могут стать практичным инструментом для оптимизации и ускорения выведения инбредных линий аутбредных видов. Этот подход позволит быстрее и точнее использовать гибридные стратегии в программах селекции какао и, потенциально, других многолетних плодовых и лесных древесных культур.
Оригинальная аннотация
Cacao is a globally important crop with a long history of domestication and selective breeding. Despite the increased use of elite clones by cacao farmers, worldwide plantations are established mainly using hybrid progeny material derived from heterozygous parents, therefore displaying high tree-to-tree variability. The deliberate development of hybrids from advanced inbred lines produced by successive generations of self-pollination has not yet been fully considered in cacao breeding. This is largely due to the self-incompatibility of the species, the long generation cycles (3-5 years) and the extensive trial areas needed to accomplish the endeavor. We propose a simple and accessible approach to develop inbred lines based on accelerating the buildup of homozygosity based on regular selfing assisted by genome-wide SNP genotyping. In this study we genotyped 90 clones from the Brazilian CEPEC’s germplasm collection and 49 inbred offspring of six S 1 or S 2 cacao families derived from self-pollinating clones CCN-51, PS-13.19, TSH-1188 and SIAL-169. A set of 3,380 SNPs distributed across the cacao genome were interrogated on the EMBRAPA multi-species 65k Infinium chip. The 90 cacao clones showed considerable variation in genome-wide SNP homozygosity (mean 0.727± 0.182) and 19 of them with homozygosity >90%. By assessing the increase in homozygosity across two generations of self-pollinations, SNP data revealed the wide variability in homozygosity within and between S 1 and S 2 families. Even in small families (<10 sibs), individuals were identified with up to ∼1.5 standard deviations above the family mean homozygosity. From baseline homozygosities of 0.476 and 0.454, offspring with homozygosities of 0.862 and 0.879 were recovered for clones TSH-1188 and CCN-51 respectively, in only two generations of selfing (81-93% increase). SNP marker assisted monitoring and selection of inbred individuals can be a practical tool to optimize and accelerate the development of inbred lines of outbred species. This approach will allow a faster and more accurate exploitation of hybrid strategies in cacao breeding programs and potentially in other perennial fruit and forest trees.
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/9495dcc6-f2e6-4459-95b4-44f577626d31
DOI: 10.1101/2022.06.12.495796