Более крупный «шоколадный чип» — разработка 15K SNP-микрочипа Theobroma cacao L. для создания карт сцепления высокой плотности
A Larger Chocolate Chip—Development of a 15K Theobroma cacao L. SNP Array to Create High-Density Linkage Maps
Donald Livingstone, Conrad Stack, Guiliana Mustiga, Dayana C. Rodezno, Carmen Becerra Suárez, Freddy Amores, F. Alex Feltus, Keithanne Mockaitis, Omar E. Cornejo, Juan Carlos Motamayor
Аннотация (перевод)
Какао (Theobroma cacao L.) является важной товарной культурой в тропических регионах по всему миру и имеет богатую агрономическую историю в Южной Америке. Являясь ключевым компонентом в косметической и кондитерской промышленности, миллионы людей по всему миру используют продукты, изготовленные из какао, — от шампуня до шоколада. Микрочип Illumina Infinity II был создан с использованием 13,530 SNP, идентифицированных в небольшой панели генетического разнообразия какао. Из этих SNP 12,643 происходят из вариаций внутри аннотированных генов какао. Были получены генотипы 3,072 деревьев, включая две картирующие популяции из Эквадора. Для этих двух популяций были построены карты сцепления высокой плотности и сопоставлены со сборкой генома какао. Фенотипические данные этих популяций были объединены с картами сцепления для идентификации QTLs урожайности и устойчивости к болезням.
Оригинальная аннотация
Cacao (Theobroma cacao L.) is an important cash crop in tropical regions around the world and has a rich agronomic history in South America. As a key component in the cosmetic and confectionary industries, millions of people worldwide use products made from cacao, ranging from shampoo to chocolate. An Illumina Infinity II array was created using 13,530 SNPs identified within a small diversity panel of cacao. Of these SNPs, 12,643 derive from variation within annotated cacao genes. The genotypes of 3,072 trees were obtained, including two mapping populations from Ecuador. High-density linkage maps for these two populations were generated and compared to the cacao genome assembly. Phenotypic data from these populations were combined with the linkage maps to identify the QTLs for yield and disease resistance.
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/98c68a2e-af5c-410d-ae55-d9088312bd6b
DOI: 10.60692/r6ve3-f3y82