Разработка молекулярных маркеров на основе ретротранспозонов для анализа генетической изменчивости у Moniliophthora perniciosa
Development of molecular markers based on retrotransposons for the analysis of genetic variability in Moniliophthora perniciosa
Souza, Jorge Teodoro de, Araújo, Elza Fernandes de, Mizubuti, Eduardo Seiti Gomide, Queiroz, Marisa Vieira de, Santana, Mateus Ferreira
genetic variability
Аннотация (перевод)
Moniliophthora perniciosa — это гриб, вызывающий болезнь «ведьмины мётлы» (WBD) у дерева какао (Theobroma cacao). Геном M. perniciosa содержит различные мобильные элементы; это побудило провести оценку использования его ретротранспозонов в качестве молекулярных маркеров для популяционных исследований. Методы полиморфизма длин амплифицированных межретротранспозонных фрагментов (IRAP) и полиморфизма длин амплифицированных ретротранспозон-микросателлитных фрагментов (REMAP) использовались для изучения вариабельности 70 изолятов M. perniciosa различного географического происхождения и биотипов. Всего было амплифицировано 43 локуса. Кластерный анализ различных географических регионов биотипа C выявил две крупные группы в штате Баия, Бразилия. Методы, основанные на использовании молекулярных маркеров на базе ретротранспозонов, продемонстрировали преимущества по сравнению с ранее применявшимися молекулярными методами для изучения генетической изменчивости у M. perniciosa.
Оригинальная аннотация
Moniliophthora perniciosa is a fungus that causes witches’ broom disease (WBD) in the cacao tree (Theobroma cacao). The M. perniciosa genome contains different transposable elements; this prompted an evaluation of the use of its retrotransposons as molecular markers for population studies. The inter-retrotransposon amplified polymorphism (IRAP) and retrotransposon-microsatellite amplified polymorphism (REMAP) techniques were used to study the variability of 70 M. perniciosa isolates from different geographic origins and biotypes. A total of 43 loci was amplified. Cluster analysis of different geographical regions of C biotype revealed two large groups in the state of Bahia, Brazil. Techniques using retrotransposon-based molecular markers showed advantages over previously used molecular techniques for the study of genetic variability in M. perniciosa.
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/a2932f1a-617c-4b02-882c-b68dbb85d57b
DOI: 10.1007/s10658-012-0031-4