Микросателлитные маркеры для популяционных исследований Phytophthora megakarya (Pythiaceae), патогена какао в Африке.
Microsatellite markers for population studies of Phytophthora megakarya (Pythiaceae), a cacao pathogen in Africa.
C V Mfegue, C Herail, H Adreit, M Mbenoun, Z Techou, M Ten Hoopen, D Tharreau, M Ducamp
Аннотация (перевод)
ПРЕДПОСЫЛКИ ИССЛЕДОВАНИЯ: Phytophthora megakarya является возбудителем болезни черных стручков какао и главным патогеном этой культуры в Африке. Популяционно-генетические исследования необходимы для изучения того, как возник этот патоген. С этой целью мы разработали 12 новых полиморфных микросателлитных маркеров для P. megakarya. МЕТОДЫ И РЕЗУЛЬТАТЫ: Микросателлитные последовательности были получены путем пиросеквенирования мультиплексно-обогащенных библиотек. Были отобраны кандидатные локусы с ди- или тринуклеотидными мотивами, а пары праймеров были протестированы на девяти изолятах P. megakarya. 12 наиболее полиморфных и однозначно интерпретируемых локусов были выбраны для создания трех пулов для мультиплексной ПЦР. Общее число аллелей варьировало от двух до девяти в зависимости от локуса, и наблюдалась более высокая гетерозиготность, чем ожидалось. ВЫВОДЫ: Эти маркеры были использованы для популяционно-генетических исследований P. megakarya в Камеруне и для сравнения с референтными штаммами из Западной Африки. Это первый случай, когда микросателлитные маркеры были разработаны для P. megakarya.
Оригинальная аннотация
PREMISE OF THE STUDY: Phytophthora megakarya is the agent of black pod disease of cacao and is the main pathogen of this crop in Africa. Population genetic studies are required to investigate how this pathogen emerged. To this end, we developed 12 novel polymorphic microsatellite markers for P. megakarya. METHODS AND RESULTS: Microsatellite sequences were obtained by pyrosequencing of multiplex-enriched libraries. Candidate loci with di- or trinucleotide motifs were selected, and primer pairs were tested with nine P. megakarya isolates. The 12 most polymorphic and unambiguous loci were selected to develop three multiplex PCR pools. The total number of alleles varied from two to nine, depending on loci, and higher than expected heterozygosity was observed. CONCLUSIONS: These markers were used for population genetic studies of P. megakarya in Cameroon and for comparison with reference strains from West Africa. This is the first time that microsatellite markers have been developed for P. megakarya.
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/acab5458-0db4-49a3-b08c-612dd5b704da
DOI: 10.3732/ajb.1200053