Полногеномное ассоциативное исследование выявило новые гены-кандидаты, связанные с продуктивностью и устойчивостью к болезням tospp. у Cacao (L.).
Genome-Wide Association Study Reveals Novel Candidate Genes Associated with Productivity and Disease Resistance tospp. in Cacao (L.).
Jaime A Osorio-Guarín, Jhon A Berdugo-Cely, Roberto A Coronado-Silva, Eliana Baez, Yeirme Jaimes, Roxana Yockteng
Аннотация (перевод)
Cacao (L.), источник шоколада, является одним из важнейших сырьевых товаров в мире, способствующим повышению уровня благосостояния фермеров. Такие болезни, как монилиоз плодов (frosty pod rot), вызываемый byand, и ведьмина метла (witches' broom), вызываемая bylimit продуктивность какао, могут быть преодолены путем использования устойчивых сортов. В настоящем исследовании мы секвенировали 229 образцов какао с использованием генотипирования путем секвенирования (genotyping-by-sequencing) для изучения генетического разнообразия и структуры популяции с использованием 9,003 и 8,131 однонуклеотидных полиморфизмов, выявленных путем картирования на два генома какао (Criollo B97-61/B2 v2 и Matina 1-6 v1.1). В ходе фенотипической оценки были обнаружены три перспективных по продуктивности образца и 10 с хорошей толерантностью к болезням frosty pod rot и witches' broom. Полногеномное ассоциативное исследование было проведено на 102 образцах, в результате чего было обнаружено два гена, связанных с продуктивностью, и семь — с устойчивостью к болезням. Полученные результаты расширили знания о генетических локусах, связанных с важными признаками какао, что может иметь важное значение для стратегий сохранения и программ селекции, таких как маркер-ассистированная селекция (marker-assisted selection).
Оригинальная аннотация
Cacao (L.), the source of chocolate, is one of the most important commodity products worldwide that helps improve the economic livelihood of farmers. Diseases like frosty pod rot caused byand witches' broom caused bylimit the cacao productivity, this can be solved by using resistant varieties. In the current study, we sequenced 229 cacao accessions using genotyping-by-sequencing to examine the genetic diversity and population structure employing 9,003 and 8,131 single nucleotide polymorphisms recovered by mapping against two cacao genomes (Criollo B97-61/B2 v2 and Matina 1-6 v1.1). In the phenotypic evaluation, three promising accessions for productivity and 10 with good tolerance to the frosty pod rot and witches' broom diseases were found. A genome-wide association study was performed on 102 accessions, discovering two genes associated with productivity and seven to disease resistance. The results enriched the knowledge of the genetic regions associated with important cacao traits that can have significant implications for conservation and breeding strategies like marker-assisted selection.
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/bac4449a-eed5-4118-b892-ca7935017473
DOI: 10.1534/g3.120.401153