Полногеномная идентификация, характеристика и анализ экспрессии семейства генов small auxin-up RNA в процессе созревания зиготических и соматических зародышей шоколадного дерева (Theobroma cacao)
Genome-wide identification, characterization, and expression analysis of the small auxin-up RNA gene family during zygotic and somatic embryo maturation of the cacao tree (Theobroma cacao)
Nan Chu, Wang Jae Lee, La Việt Hồng, Lê Quynh, Thao Duc Le, Trần Thị Thanh Huyền, Lan T. Tran, Chi Toan Le, Duy Nguyen, Phi Bang Cao, Ha Duc Chu
Аннотация (перевод)
Аннотация Белки small auxin-up RNA (SAUR) известны как крупное семейство, предположительно участвующее в различных биологических процессах у высших видов растений. Однако семейство SAUR до сих пор оставалось неизученным у какао ( Theobroma cacao L.), одного из важнейших промышленных древесных растений. Настоящая работа, представляющая собой исследование in silico, раскрыла комплексные аспекты структуры, филогении и экспрессии семейства генов TcSAUR у какао. В геноме какао было идентифицировано и аннотировано в общей сложности 90 членов семейства генов TcSAUR. Согласно анализу физико-химических свойств, все белки TcSAUR демонстрировали в некоторой степени сходные характеристики. Филогенетический анализ показал, что эти белки TcSAUR могут быть разделены на семь отдельных групп с 10 подгруппами. Наши результаты позволяют предположить, что события тандемной дупликации, сегментной дупликации и полногеномной дупликации могли иметь важное значение для увеличения семейства генов TcSAUR у какао. Проведя повторный анализ доступных баз данных транскриптома, мы обнаружили, что ряд генов TcSAUR экспрессировался исключительно в ходе зиготического эмбриогенеза и соматического эмбриогенеза. В совокупности наше исследование будет ценным для дальнейшей функциональной характеристики генов-кандидатов TcSAUR с целью генной инженерии какао.
Оригинальная аннотация
Abstract Small auxin-up RNA (SAUR) proteins were known as a large family that supposedly participated in various biological processes in higher plant species. However, the SAUR family has been still not explored in cacao ( Theobroma cacao L.), one of the most important industrial trees. The present work, as an in silico study, revealed comprehensive aspects of the structure, phylogeny, and expression of TcSAUR gene family in cacao. A total of 90 members of the TcSAUR gene family have been identified and annotated in the cacao genome. According to the physic-chemical features analysis, all TcSAUR proteins exhibited slightly similar characteristics. Phylogenetic analysis showed that these TcSAUR proteins could be categorized into seven distinct groups, with 10 sub-groups. Our results suggested that tandemly duplication events, segmental duplication events, and whole genome duplication events might be important in the growth of the TcSAUR gene family in cacao. By re-analyzing the available transcriptome databases, we found that a number of TcSAUR genes were exclusively expressed during the zygotic embryogenesis and somatic embryogenesis. Taken together, our study will be valuable to further functional characterizations of candidate TcSAUR genes for the genetic engineering of cacao.
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/c2241d2c-6e08-43f9-b7b3-303f0738476d
DOI: 10.60692/hqtj7-gy104