Ранее не идентифицированный, дивергентный вид Badnavirus Cacao red vein-banding virus ассоциирован с Cacao Swollen Shoot Disease в Нигерии
The Previously Unidentified, Divergent Badnavirus Species Cacao red vein-banding virus is Associated with Cacao Swollen Shoot Disease in Nigeria
Nomatter Chingandu, Lelia Dongo, Osman A. Gutierrez, Judith K. Brown
Аннотация (перевод)
О Cacao swollen shoot disease (CSSD) у Theobroma cacao сообщалось в Нигерии в 1944 году; однако никаких геномных последовательностей баднавирусов, ассоциированных с деревьями с симптомами, обнаружено не было. В 2017 году образцы листьев (n = 18) были собраны с деревьев какао из Osun и Oyo, Нигерия, проявлявших симптомы на листьях, которые включали красное окаймление жилок и вздутие побегов, а также вариабельную вторичную мозаику, крапчатость и симптомы папоротникообразного узора. Смыкающиеся праймеры, сконструированные на основе ранее определенных последовательностей межгенной области размером 500-bp, использовались для амплификации методом полимеразной цепной реакции (PCR). Из 18 образцов 9 дали продукт размером приблизительно 7,000-bp, по-видимому, соответствующий размеру генома. Девять геномов были секвенированы; было обнаружено, что они кодируют четыре открытые рамки считывания и имеют от 86 до 99% нуклеотидной идентичности. Попарный анализ нигерийских геномов с 21 ранее описанным баднавирусом CSSD на уровне полных геномов и последовательностей обратной транскриптазы — рибонуклеазы H (1,230 bp) показал от 71 до 75 и от 72 до 76% нуклеотидной идентичности соответственно. Филогенетический анализ девяти полных геномов показал, что ближайшими родственниками дивергентных нигерийских изолятов были ранее описанные западноафриканские баднавирусы CSSD. На основе попарных сравнений и филогенетического анализа нигерийские изоляты CSSD представляют собой ранее не распознанный Badnavirus sp., названный здесь Cacao red vein-banding virus (CRVBV). Праймеры, сконструированные на основе последовательностей генома CRVBV, амплифицировали фрагмент размером 1,068-bp из 16 из 18 полевых образцов, протестированных с помощью PCR, что указывает на возможное существование дополнительных вариантов CRVBV.
Оригинальная аннотация
Cacao swollen shoot disease (CSSD) of Theobroma cacao was reported in Nigeria in 1944; however, no badnaviral genome sequences have been found associated with the symptomatic trees. In 2017, leaf samples (n = 18) were collected from cacao trees from Osun and Oyo, Nigeria showing foliar symptoms that included red vein-banding and shoot swelling, and variable secondary mosaic, mottling, and fern-like pattern symptoms. Abutting primers designed around previously determined 500-bp intergenic region sequences were used for polymerase chain reaction (PCR) amplification. Of the 18 samples, 9 yielded an approximately 7,000-bp, apparently genome-size product. The nine genomes were sequenced and found to encode four open reading frames, and to share 86 to 99% nucleotide identity. Pairwise analysis of the Nigerian genomes with 21 previously reported CSSD badnaviruses, at the complete genome and reverse-transcription ribonuclease H (1,230 bp) sequence levels, indicated 71 to 75 and 72 to 76% nucleotide identity, respectively. Phylogenetic analysis of the nine complete genomes indicated that the closest relatives of the divergent Nigerian isolates were previously described West African CSSD badnaviruses. Based on pairwise comparisons and phylogenetic analyses, the Nigerian CSSD isolates constitute a previously unrecognized Badnavirus sp., herein named Cacao red vein-banding virus (CRVBV). Primers designed based on the CRVBV genome sequences amplified a 1,068-bp fragment from 16 of 18 field samples tested by PCR, suggesting the possible existence of additional CRVBV variants.
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/faab75cb-6ca8-49e3-adb8-5be64ce57705
DOI: 10.1094/pdis-09-18-1561-re