A Bigger Chocolate Chip — разработка массива Theobroma cacao L. SNP объёмом 15K для создания карт связей с высокой плотностью
A Larger Chocolate Chip—Development of a 15K Theobroma cacao L. SNP Array to Create High-Density Linkage Maps
Donald Livingstone, Conrad Stack, Guiliana Mustiga, Dayana C. Rodezno, Carmen Becerra Suárez, Freddy Amores, F. Alex Feltus, Keithanne Mockaitis, Omar E. Cornejo, Juan Carlos Motamayor
Аннотация (перевод)
Какао (Theobroma cacao L.) является важной товарной культурой в тропических регионах мира и обладает богатой агрономической историей в Южной Америке. Как ключевой компонент косметической и кондитерской промышленности, миллионы людей по всему миру используют продукты из какао — от шампуня до шоколада. Массив Illumina Infinity II был создан с использованием 13 530 SNP, идентифицированных в небольшой панели разнообразия какао. Из этих SNP 12 643 происходят из вариаций внутри аннотированных генов какао. Были получены генотипы 3 072 деревьев, включая две картографические популяции из Эквадора. Были созданы карты связей высокой плотности для этих двух популяций и сравниваны с сборкой генома какао. Фенотипические данные из этих популяций были объединены с картами связей для выявления QTL по урожаю и устойчивости к болезни.
Оригинальная аннотация
Cacao (Theobroma cacao L.) is an important cash crop in tropical regions around the world and has a rich agronomic history in South America. As a key component in the cosmetic and confectionary industries, millions of people worldwide use products made from cacao, ranging from shampoo to chocolate. An Illumina Infinity II array was created using 13,530 SNPs identified within a small diversity panel of cacao. Of these SNPs, 12,643 derive from variation within annotated cacao genes. The genotypes of 3,072 trees were obtained, including two mapping populations from Ecuador. High-density linkage maps for these two populations were generated and compared to the cacao genome assembly. Phenotypic data from these populations were combined with the linkage maps to identify the QTLs for yield and disease resistance.
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/fefbea7a-488c-4004-ba97-28f2427924db
DOI: 10.60692/s8w4v-6as66