Полногеномная идентификация, характеристика и экспрессионный анализ семейства генов small auxin-up RNA во время зиготического и соматического созревания эмбрионов какао-дерева (Theobroma cacao)
Genome-wide identification, characterization, and expression analysis of the small auxin-up RNA gene family during zygotic and somatic embryo maturation of the cacao tree (Theobroma cacao)
Nan Chu, Wang Jae Lee, La Việt Hồng, Lê Quynh, Thao Duc Le, Trần Thị Thanh Huyền, Lan T. Tran, Chi Toan Le, Duy Nguyen, Phi Bang Cao, Ha Duc Chu
Аннотация (перевод)
Аннотация: Белки small auxin-up RNA (SAUR) были известны как большое семейство, которое, предположительно, участвовало в различных биологических процессах у видов высших растений. Однако семейство SAUR до сих пор не было исследовано у какао (Theobroma cacao L.), одного из наиболее важных промышленных деревьев. Настоящая работа, как in silico исследование, выявила комплексные аспекты структуры, филогении и экспрессии семейства генов TcSAUR у какао. Всего в геноме какао было идентифицировано и аннотировано 90 членов семейства генов TcSAUR. Согласно анализу физико-химических свойств, все белки TcSAUR демонстрировали несколько схожие характеристики. Филогенетический анализ показал, что эти белки TcSAUR можно классифицировать на семь различных групп, включающих 10 подгрупп. Наши результаты свидетельствуют о том, что тандемные дупликации, сегментные дупликации и события полиплоидизации могли быть важны для роста семейства генов TcSAUR у какао. При переанализе доступных транскриптомных баз данных мы обнаружили, что ряд генов TcSAUR экспрессируется исключительно во время зиготической и соматической эмбриогенеза. В совокупности наше исследование будет ценным для дальнейшей функциональной характеристики генов-кандидатов TcSAUR для генетической инженерии какао.
Оригинальная аннотация
Abstract Small auxin-up RNA (SAUR) proteins were known as a large family that supposedly participated in various biological processes in higher plant species. However, the SAUR family has been still not explored in cacao ( Theobroma cacao L.), one of the most important industrial trees. The present work, as an in silico study, revealed comprehensive aspects of the structure, phylogeny, and expression of TcSAUR gene family in cacao. A total of 90 members of the TcSAUR gene family have been identified and annotated in the cacao genome. According to the physic-chemical features analysis, all TcSAUR proteins exhibited slightly similar characteristics. Phylogenetic analysis showed that these TcSAUR proteins could be categorized into seven distinct groups, with 10 sub-groups. Our results suggested that tandemly duplication events, segmental duplication events, and whole genome duplication events might be important in the growth of the TcSAUR gene family in cacao. By re-analyzing the available transcriptome databases, we found that a number of TcSAUR genes were exclusively expressed during the zygotic embryogenesis and somatic embryogenesis. Taken together, our study will be valuable to further functional characterizations of candidate TcSAUR genes for the genetic engineering of cacao.
Идентификаторы
Canonical: https://research.holos.house/w/ff0ecbab-9735-43b2-a3ca-7434137ad18c
DOI: 10.60692/4nbxb-ebn43